Los dos sistemas de alineación utilizados en la actualidad para fusionar fibras ópticas son: alineación de núcleo y alineación de revestimiento.
Alineación de núcleo. Este sistema es la tecnología de empalme por fusión con mayor precisión y de más alta calidad. Utilizan un sistema de imágenes y detección de la luz, que permite medir y monitorear la posición central de los núcleos durante el proceso de alineación. Estas empalmadoras trabajan con seis motores.
Alineación de revestimiento. Este tipo de alineación también se le conoce como alineación pasiva, la cual se basa en la pre-alineación de la superficie exterior, recubrimiento o revestimiento de la fibra, en donde los núcleos se ajustan hacia el interior y hacia el exterior. Estas empalmadoras trabajan con cuatro motores.